مانی دوران کودکی اش را، همراه پدر، در فضای عرفانی و گنوسی فرقه مغتسله سپری کرد. در آن زمان در بین النهرین دین ها و فرقه های گوناگون از جمله فرقه های گنوسی، که اندیشه های یونانی و آسیای غربی را به هم آمیخته بودند، در کنار هم روزگار می گذراندند. بنا بر روایات و افسانه های مانوی، مادر مانی در خواب دید که فرزندش به آسمان رفت و به زمین بازگشت. این نخستین پیشگویی درباره پایگاه معنوی مانی است. پدرش در چهار سالگی او را به فرقه مغتسله پیوند داد. باز هم بنا به روایات مانوی، در پایان دوازده سالگی بود که دیدار نرجمیگ یا همزاد او را دگرگون کرد. نرجمیگ یا توم (سریانی: Tauma) فرشته ای است که از سوی شهریار بهشت روشنی (جنان النور) بر مانی نازل شد. فرشته به او گفت: «از این ملت کناره گیری کن، که تو از آنان نیستی، و بر توست که پرهیزکاری و ترک شهوت رانی نمایی، و هنوز هنگام ظهور تو نرسیده، برای آنکه خردسال هستی.» این واقعه در روز هشتم نیسان بابلی، در سال روز تولد او، برابر با 14 آوریل سال 228م. رخ داد و احتمالا با نخستین سال پادشاهی اردشیر، بنیادگذار دودمان ساسانی، همزمان بود.